一、生产和加工标准不同 。
二、原理和方法不同 ：有机食品强调对生产全程的管理，其理论依据是好的过程有好的结果；而绿色食品特别注重生产环境和产品的检测结果。
三、生产基地要求不同：绿色食品生产基地须生态环境良好 ，有机食品生产基地应是边界清晰、所有权和经营权明确的农业生产单元，且需选择空气清洁、水质纯净、土壤未受污染、具有良好生态环境的地区。
有机食品是一种食品认证标准，生产过程严苛，严禁使用人工合成的农药、化肥、激素，和转基因食品技术及其衍生物。
绿色食品，由我国农业部提出，在生产过程中允许使用人工合成的农药、生长激素，但对用量和残留量有严格规定。
